Kontrola podatkowa a postępowanie podatkowe – praktyczny przewodnik dla przedsiębiorców 2025
Tytuł: Kontrola podatkowa a postępowanie podatkowe – praktyczny przewodnik dla przedsiębiorców 2025
Autor: Michał Krawiec
Data publikacji: 30 października 2025
Data ostatniej aktualizacji: 30 października 2025
W 2025 roku fiskus coraz częściej sięga po narzędzia cyfrowe i analityczne, by sprawniej identyfikować potencjalne nieprawidłowości w firmach. Dla przedsiębiorców oznacza to jedno – kontrola podatkowa lub postępowanie podatkowe mogą pojawić się znacznie częściej niż jeszcze kilka lat temu. Warto więc dokładnie zrozumieć, czym różnią się te procedury, jak się do nich przygotować i jak reagować, gdy pojawi się zawiadomienie z urzędu skarbowego.
W tym przewodniku przedstawiamy praktyczne wskazówki, aktualne regulacje oraz przykłady z praktyki biznesowej, które pomogą Ci bezpiecznie przejść przez proces kontroli lub postępowania podatkowego w 2025 roku.
W artykule znajdziesz m.in.:
- różnice między kontrolą a postępowaniem podatkowym,
- jak przebiega kontrola podatkowa krok po kroku,
- jakie masz prawa i obowiązki wobec urzędu,
- jak przygotować dokumentację,
- co robić, gdy fiskus wszczyna postępowanie,
- jak się odwołać od decyzji.
👉 Czytaj dalej i dowiedz się, jak chronić swoją firmę przed niepotrzebnymi sankcjami podatkowymi.
Spis treści
- Czym różni się kontrola podatkowa od postępowania podatkowego?
- Kiedy urząd może wszcząć kontrolę podatkową?
- Jak przebiega kontrola podatkowa krok po kroku?
- Prawa i obowiązki przedsiębiorcy podczas kontroli
- Czym jest postępowanie podatkowe i kiedy się je wszczyna?
- Najczęstsze błędy popełniane przez przedsiębiorców w 2025 roku
- Jak przygotować się do kontroli i uniknąć ryzyka?
- Odwołanie od decyzji i dalsze kroki
- Podsumowanie i rekomendacje eksperta
Czym różni się kontrola podatkowa od postępowania podatkowego?
Choć oba pojęcia często używane są zamiennie, kontrola podatkowa i postępowanie podatkowe to dwa zupełnie różne etapy działania organów skarbowych.
Kontrola podatkowa ma charakter sprawdzający – jej celem jest ustalenie, czy przedsiębiorca prawidłowo rozlicza się z podatków i prowadzi dokumentację zgodnie z przepisami.
Postępowanie podatkowe natomiast jest działaniem o charakterze decyzyjnym – prowadzi do wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego lub stwierdzającej nieprawidłowość.
Najprościej mówiąc:
- kontrola = sprawdzenie,
- postępowanie = decyzja i konsekwencje.
Kiedy urząd może wszcząć kontrolę podatkową?
Urząd skarbowy może rozpocząć kontrolę, gdy:
- wykryje niezgodności w plikach JPK_V7,
- otrzyma sygnał z Krajowej Administracji Skarbowej lub systemów analizy ryzyka,
- zauważy znaczące różnice w deklaracjach podatkowych,
- uzyska informacje z zewnętrznych źródeł (np. z banku, ZUS-u, czy kontrahentów).
W 2025 roku coraz częściej kontrole są zdalne – urzędnicy analizują dane elektroniczne i wzywają przedsiębiorców jedynie do przedstawienia wybranych dokumentów w formie cyfrowej.
Jak przebiega kontrola podatkowa krok po kroku?
- Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli – urząd wysyła pismo, w którym informuje o planowanej kontroli (z reguły z 7-dniowym wyprzedzeniem).
- Upoważnienie do kontroli – kontrolerzy muszą przedstawić upoważnienie i legitymację.
- Przeprowadzenie czynności kontrolnych – obejmuje przegląd dokumentacji, przesłuchania pracowników, analizę ksiąg.
- Zakończenie kontroli – przedsiębiorca otrzymuje protokół, z którym może się nie zgodzić i złożyć zastrzeżenia.
Warto pamiętać, że od 2024 roku większość protokołów kontroli można podpisać kwalifikowanym podpisem elektronicznym, co znacząco przyspiesza formalności.
Prawa i obowiązki przedsiębiorcy podczas kontroli
Przedsiębiorca ma prawo:
- do obecności podczas wszystkich czynności,
- do składania wyjaśnień i zastrzeżeń,
- do otrzymania kopii dokumentów,
- do reprezentacji przez pełnomocnika.
Z drugiej strony jest zobowiązany do:
- udostępnienia żądanych dokumentów,
- zapewnienia warunków do pracy kontrolerom,
- przestrzegania terminów na odpowiedź.
Zlekceważenie obowiązków może skutkować karami administracyjnymi lub rozszerzeniem kontroli na kolejne okresy.
Czym jest postępowanie podatkowe i kiedy się je wszczyna?
Postępowanie podatkowe to etap, w którym urząd podejmuje decyzję o wysokości zobowiązania podatkowego. Wszczynane jest zwykle wtedy, gdy wyniki kontroli wskazują na istotne nieprawidłowości.
W toku postępowania urząd analizuje dowody, przesłuchuje świadków i może żądać dodatkowych wyjaśnień.
Kluczową różnicą jest to, że postępowanie kończy się decyzją podatkową, która może:
- określać wysokość zaległości,
- nakładać dodatkowe sankcje (np. odsetki lub grzywny),
- nakazywać korektę deklaracji.
Najczęstsze błędy popełniane przez przedsiębiorców w 2025 roku
W dobie cyfrowych narzędzi fiskusa najwięcej problemów sprawiają:
- niezgodności w danych przesyłanych w JPK,
- błędne rozliczenia VAT w transakcjach unijnych,
- brak aktualnych polityk rachunkowości,
- niedostateczne zabezpieczenie danych księgowych,
- nieznajomość przepisów o e-Doręczeniach.
Eksperci doradzają, aby firmy regularnie przeprowadzały audyty wewnętrzne i aktualizowały polityki podatkowe, zanim urząd zapuka do drzwi.
Jak przygotować się do kontroli i uniknąć ryzyka?
- Uporządkuj dokumentację finansową i elektroniczne archiwa.
- Zweryfikuj poprawność danych w plikach JPK i deklaracjach.
- Przygotuj osobę odpowiedzialną za kontakt z kontrolerami.
- Ustal wewnętrzną procedurę reakcji na zawiadomienie o kontroli.
- Skonsultuj się z doradcą podatkowym przed rozpoczęciem kontroli.
Dobrze przygotowana firma często przechodzi kontrolę bez większych problemów – urząd docenia transparentność i współpracę.
Odwołanie od decyzji i dalsze kroki
Jeśli nie zgadzasz się z decyzją wydaną po postępowaniu podatkowym, możesz:
- Złożyć odwołanie do Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w terminie 14 dni.
- Następnie, w razie potrzeby, wnieść skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego.
Warto pamiętać, że decyzja podatkowa może zostać uchylona, jeśli przedsiębiorca przedstawi nowe dowody lub wykaże błędy proceduralne po stronie urzędu.
Podsumowanie i rekomendacje eksperta
Kontrola podatkowa nie musi być powodem do paniki – to rutynowy element nadzoru fiskalnego. Kluczowe jest, by przedsiębiorca znał swoje prawa, obowiązki i reagował na każde pismo urzędowe z należytą starannością.
W 2025 roku nacisk administracji skarbowej na cyfryzację, automatyzację i analitykę danych będzie tylko wzrastał. Dlatego świadomość podatkowa, regularne audyty i rzetelne prowadzenie ewidencji to najlepsza forma ochrony przed nieprzyjemnymi konsekwencjami.
Ekspert radzi: Nie czekaj na kontrolę – działaj proaktywnie. Wprowadź system kontroli wewnętrznej, szkol personel i korzystaj z pomocy doradców. Dzięki temu każda kontrola będzie tylko formalnością.